構造と機能
スクリプトの不要な部分を取り除き，新しい機能を書き足して，次の実験の準備を始めたがうまく走らず，試行錯誤をして解決策を見つける過程で，出発点にある一般的なスクリプトの前提に従って，新しい実験を進めていいものかを確かめる必要に気付いた．問題…
10数年前に当時の大学院生と行った実験について書いた論文がある．それを引用した論文原稿の査読の依頼が回ってきて，懐かしい気持ちになった．隅々まで読んでreviewを作り，〆切前にアップロードした． COVID19禍のもとで，コミュニケーションの方法は随分…
Evo-mechoモデル（McNamara & Houston, 2009）は，機能的アプローチと機械的アプローチを統合することを目的としている．Castellano, 2015はエボ・メチョの視点を取り入れることで，まず最適な計算メカニズムを特定し（計算理論レベル），次にそれを実装でき…
（A君） 臍傍静脈についての記述が見つけられなかったのですが、臍静脈は胎児期のみで、成体では肝円索になり、肝円索が門脈圧亢進症など再開通したら臍傍静脈となる、という理解で良いでしょうか。 （わたし） 肝円索の回り，肝鎌状間膜の中に細かな静脈が…
あまりうれしくないこと*1を良い方向に向ける方法はないかと悩んでいたときに，解決方法が見つからないまま2年ほど頭の片隅に置き去りにしていた課題を解決するアルゴリズムの欠片が，かなり離れた方角から現れたのを見つけた． うれしくない事柄を一瞬忘れ…
この論文では，外側手綱核（LHb）の神経回路が，幼若期の特定に時期の過剰なストレス経験に依存して改変されることと，成熟後の行動が変容し，不安様・うつ様行動の頻度が増えることを示した*1．ストレス下の情動と行動を繋ぐ神経回路において，成熟段階依存…
Panchanathan, Karthik, and Willem E. Frankenhuis. “The evolution of sensitive periods in a model of incremental development.” Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences 283.1823 (2016): 20152439. *1 臨界期はcritical periodなの…
長い文書を準備する作業をしているヒト達の案についてチェックした時に，冒頭の文章は不要では無かろうか，というコメントがあり，同じように感じていた．共有されない組織の理念には，何かを引き起こす作用は少なく，紋切り型になってしまっていた． ぼんや…
雷雲は去った 実習が終わって，まとまった時間がとれるようになったので，たまっていた論文を片っ端から読んでいると，その中の1つの論文に「こいつ頭いいなあ」と思わず独り言を言ってしまった．同じことを考えているのかと恐れたが，方向が違うのでむしろ…
nlrxを使い始めてから，NetLogo worlds数はどんどん増加しており，先週までに196020世界を作り，それを変数の軸に沿って並べて，現象を観察している *1 *2．多い例数をscanしているだけで，難しいことは何もしていないが，桁外れに大きなnを比較すると，浮か…
計算中のCPUとメモリの使用率をタスクマネージャーでチェックすると，R*1とNetLogo*2は全体のCPUの20％ほどしか利用していないことに気づき，試しに，Rのウィンドウを2つ並立させて，別のnlrx*3 *4スクリプトを使ってNetLogoをheadlessで走らせると，計算は…
解析するスクリプトを書き，走らせる．うまくいかずに，書き直して走らせる，ということを繰り返した末に機能して，解析ファイルを手に入れる．結果をグラフ化するスクリプトを書いて，直して，幾多のグラフを手に入れる．グラフを拡げて並べて，それを整理…
会議に呼び出されて，全学への報告とか理由書の提出とか，そのための学系内の資料集めとか，に時間を割くことが増えた．それは煩雑で，気が遠くなるが，形式的な課題と捉えることにした．俯瞰すると，それぞれは必ずしも難問ではなく，アイデアさえあれば，…
実習の冒頭の10分間をグループ内討議にあてて，予習内容と進行状況や理解の共有と疑問の抽出をしている．実際にはガヤガヤと皆は自由*1に話している．その間，実習台の間をふらふらしていたら， 「もう〜，勉強しない〜！！！」と，にこやかな声が横で聞こえ…
S君から質問が来た．S君>質問なのですが、イラスト解剖学第９版の68ページにて腸骨稜、広背筋、外腹斜筋で囲まれる腰三角の説明が載っていたのですが、ここの説明がヘルニアの好初部位となっていました。好初部位という言葉の意味が分からず、調べてみたので…
Sくんはとてもきっちりしていて，用語の正確な使い方に気をつかっていた．例えば， ＞回旋筋の停止が起始の椎骨の橫突起からより1～2つ上の棘突起、多裂筋の停止が起始の椎骨の橫突起から3～5つ上の棘突起となっているのですが、説明として上記の表現は適切…
体幹の脊髄神経の一本の外側皮枝が外腹斜筋の筋膜を貫いた後に五本に別れて，皮下結合組織の中に扇状に拡がっていく様子を剖出したZさんが 「キレイ」とつぶやいた． それを横で聞いていた私が 「私達の側に来たようですね，ようこそ」 と言ったら，一拍おい…
The superior surface of the liver. Henry Vandyke Carter (1831–1897) in Henry Gray "Anatomy of the Human Body" 1918. FIG. 1085 春解剖にきているH君に，「三角間膜がよくわかりません」と質問されたので，「横隔膜の壁側腹膜は折れかえって肝臓の前面…
（１）cmdからnetlogoを走らせる #JAVA_HOME無し#PATH to java有り#java のversion関係なし# JAVA_HOMEの設定に不明の点がある# おそらく以下の指摘と関係すると想像される。#https://github.com/ropensci/nlrx/issues/32 #NetLogoのpathを通す． 設定＞シス…
Henry Vandyke Carter (1831–1897) in Henry Gray. Anatomy of the Human Body. 1918. FIG. 501 Schematic representation of the atrioventricular bundle of His. The bundle, represented in red originates near the orifice of the coronary sinus, und…
Pairwise-invasibility plots*1で直接的な結果を示すための手はずを整えて，進化計算を走らせるためには，これまでを上回る量の世界を造る必要がある．RNetLogoでは変数を含めたスクリプトを実行することができない*2ので，1000回以上の繰り返しを直に書いた…
自律神経性の脳神経に含まれる臓性求心性の線維は臓器の感覚（一般内臓性感覚）を伝える．例えば，迷走神経には一般内臓性感覚を伝える一次求心性線維があり，孤束核に終始する．このような線維が刺激されたときには限局性に乏しい不快感が引き起こされる．…
もっと遠くにたどり着く為に，途中まで書いたスクリプトを書き直し．ルートを変更した．出発は延期．
目の前に広がる地形を進むルートを決めたので，準備をしている．まず 258 × n 個の世界を作成すると，その後に計算三昧がやってきて，次の沼に入る．その沼の向こうには何があるやら*1． *1:アイデアはある．
怒濤の計算も，データ整理の沼も，注意深くなければならないが，愚かさに陥らないように行う技術的な問題だ．上手くいったところで，無事なだけで，スマートさが示されるわけではないし，概念が抽出されるものでもない． 沼を抜けたその先にある地形を詳しく…
怒濤の計算の後のデータ整理の沼にいる． 〜20GBの世界が27有り，それぞれの計算の結果，300〜500MBのファイルが27有り，抽出したグラフのファイル（〜20KB）がそれぞれに9あり，計243ある． 手作業で243を3×3の行列に変える作業を行っているが，延々と時間…
agentsの相互作用を知るために必要十分な期間をsimulateして，一セット726個の世界を造ると，19GBを少し超える．必要な指標を計算すると，357MBになる．それをさらに計算して，狙ったものを抽出すると22KBになる． そんなセットが１ダースほどあり，それを並…
この季節になると博士論文の審査が割り当てられる．以前から研究内容とは関係の無い論文*1の担当になることが多かったのは，学部の教育担当が解剖学だからだろう*2． 先日に，今年度の担当が割り当てられ．博士課程の一年目に私の授業を選択して，半年間議論…
就職して数年経って実習にも慣れてきた頃*1，「そろそろ講義をしてみようか」と研究室の教授に声を掛けられて，英語で書かれた一冊の本を手渡された．「おおよそ男性と女性で1回ずつかな」といわれて，他の教員が長く続けていた骨盤の構造の講義2回分を引き…
毎日，夜通し計算している．長い計算を終えたときには，シャットダウンしても20分ほどは静かにしてから，起動して，次の計算をするようにしてはいたが，最近，パソコンの挙動がおかしくなることが続いていた．世界の作成中にWIN3号*1が突然に止まり，使用不…
