RNetLogoからnlrxに乗り換えるために

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Pairwise-invasibility plots*1で直接的な結果を示すための手はずを整えて,進化計算を走らせるためには,これまでを上回る量の世界を造る必要がある.RNetLogoでは変数を含めたスクリプトを実行することができない*2ので,1000回以上の繰り返しを直に書いたスクリプトを作るしかない.そんな実験を間違わずに行う自信はないので,nlrxに *3 *4 *5乗り換えることにした.

nlrxでは,RからNetLogoにXMLファイルを送って,遠隔操作する.その際にRとNetLogo (>= 5.3.1)の他に,
Java (JDK 1.8), pandoc, OpenSSL, udunits-2, PROJ.4, GEOS, GDAL, libxml2
が準備されていなければならないので探した.

1)Java (JDK 1.8)
https://www.oracle.com/java/technologies/javase/javase-jdk8-downloads.html

2 ) pandoc
https://qiita.com/sky_y/items/3c5c46ebd319490907e8
https://github.com/jgm/pandoc/releases/tag/2.11.4

3) OpenSSL
https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1601/29/news043.html
https://slproweb.com/products/Win32OpenSSL.html

4) PROJ.4, GEOS, GDAL, libxml2
GDAL(Geospatial Data Abstraction Library), GEOS (Geometry Engine, Open Source) ,PROJ4 (Cartographic Projections Library) ライブラリをOSGeo4Wインストーラでインストールした.
https://trac.osgeo.org/osgeo4w/wiki/OSGeo4W_jp
https://homata.gitbook.io/geodjango/geodjango/install
https://proj.org/install.html

 

5) udunits-2をインストールするために、5-1) 〜5-5)を準備する. 

https://www.unidata.ucar.edu/downloads/udunits/
Source Code Distributionsからudunits-2.2.28.tar.gzをダウンロード
解凍したフォルダに含まれるudunits2.pdfにインストールの手順が書いてある.

5-1) expat "libexpat"
https://sourceforge.net/projects/expat/
インストールが終わったら、C:\Program Files (x86)\Expat 2.1.0\Bin 配下にlibexpat.dll がある.

5-2) expat.h
expat "libexpat"(- > 5-1))で作られたファイルがC:¥Program Files (x86)に存在するのを確認した. 

システム環境変数 のPATH に EXPAT_INCLUDE_DIR (expat.hを含むフォルダ)を追加

 

5-3)CUnit libraryのインストール

https://netbeans.org/kb/docs/cnd/c-unit-test_ja.html
"WindowsおよびMinGWでのCUnitのインストール手順"

https://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q12121640692
#MinGW Shellを探す
MinGW¥msys¥1.0¥msys.bat


> downloads
#Lhaplusで解凍
#MinGW Shellでは¥が機能しないので/を使う
https://qiita.com/from_chc/items/db771bef1e83fc00783a
最新版は2.1.3だがconfigureが存在しないため,2.1.2を使用する
http://jaist.dl.sourceforge.net/project/cunit/CUnit/2.1-2/CUnit-2.1-2-src.tar.bz2

MinGW Shellで解凍フォルダに移動
cd C:\Users\ichij\Downloads\CUnit-2.1-2

 

mount
>C:\mingw on /mingw type user (binmode)

#makefileを作成
./configure
#または ./configure --prefix=/mingw
make
make install

 

5-4) CMake
https://ja.wikipedia.org/wiki/CMake
https://www.kkaneko.jp/tools/win/cmake.html
https://cmake.org/download/

#cmakeにはautoconfiguration機能がないのでconfig.h.cmakeを自分で書く必要がある
#http://cmake.3232098.n2.nabble.com/cmake-config-h-td5778896.html
#the Fresh Open Source Software Archiveにconfig.h.cmakeがアップロードされている.
#https://fossies.org/linux/poppler/config.h.cmake
#ダウンロードしてudunits2フォルダに置く.

5-5) MinGW
https://ja.wikipedia.org/wiki/MinGW
https://qiita.com/ryo-sato/items/00c17469978e47d91a09
https://osdn.net/projects/mingw/releases/
https://www.javadrive.jp/cstart/install/index6.html#section3

 

追加したPATHは,

c:\Program Files\CommonFiles\Oracle\Java\javapath;

c:\Windows\System32\OpenSSH\;

c:\Program Files\Pandoc\

c:\Program Files\CMake\bin

c:\Program Files (x86)\Expat 2.2.10\Bin

c:\mingw\bin

c:\Program Files (x86)\Expat2.2.10\Source\lib

c:\MinGW\msys\1.0\bin

c:\mingw\mingw32\bin

c:\mingw\share\libtool\libltdl

C:\MinGW\msys\1.0\local\lib

c:\MinGW\msys\1.0\local\doc\CUnit\headers

 

5-6) udunits-2.2.28のインストール.win10のコマンドプロンプトで,

cd C:\Users\current_user\Downloads\udunits-2.2.28
mkdir build
cd build

cmake -G "MinGW Makefiles" .. -DCMAKE_C_COMPILER="C:/MinGW/bin/gcc.exe" -DCMAKE_CXX_COMPILER="C:/MinGW/bin/g++.exe" [-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=install_prefix] ..

make all install