windows11のマシンにnlrxをセットアップした際の注意点をまとめる。
（１）https://kapibarasenn10.hatenablog.com/entry/2021/02/22/000000
はそのままでOK.
（２）https://kapibarasenn10.hatenablog.com/entry/2021/03/08/000000
NetlogoのPathを通す。Netlogo 6.2.2が利用できた。
（３）コマンドプロンプト(cmd)に以下を書くと、
netlogo-headless.bat --model "C:\Program Files\NetLogo 6.2.2\app\models\Sample Models\Biology\Wolf Sheep Predation.nlogo" --experiment experiment1 --table "C:\Users\"UserName"\Desktop\out"
#pathに空白が含まれると認識されない。引用符で囲めば空白が認識される。
#"UserName"は利用者のユーザー名
JAVA_HOME not defined, using java on PATH.
If you encounter errors, set JAVA_HOME or update your PATH to include java.exe.
Exception in thread "main" java.io.FileNotFoundException: C:\Users\"UserName"\Desktop\out (アクセスが拒否されました。)
at java.io.FileOutputStream.open0(Native Method)
at java.io.FileOutputStream.open(FileOutputStream.java:270)
at java.io.FileOutputStream.<init>(FileOutputStream.java:213)
at java.io.FileOutputStream.<init>(FileOutputStream.java:101)
at java.io.FileWriter.<init>(FileWriter.java:63)
at org.nlogo.headless.Main$.path2writer$1(Main.scala:64)
at org.nlogo.headless.Main$.parseArgs(Main.scala:94)
at org.nlogo.headless.Main$.main(Main.scala:12)
at org.nlogo.headless.Main.main(Main.scala)
と表示される。この状態でcmdからNetlogoを操作する準備が整ったことが確認できる。
（４）Rの準備
http://uncorrelated.hatenablog.com/entry/2017/01/22/130231
ウィンドウズ版Rは初期状態では、スクリプトファイルの日本語コードはシフトJISしか扱えない。設定値を確認する場合は options()$encoding を表示する。
ー１）Rprofileを開いて、
options(encoding = "native.enc")
options(encoding="UTF-8") に変更する。
またはRのスクリプトの冒頭に以下をくわえてencodingを変更する．
options(encoding="UTF-8")
ー２）nlrxからのoutputを受け取るフォルダをdesktopに作り，"out"と名付け，その中に"rtemp"というフォルダを作り，テンポラリーファイルを格納する場所に指定する。
https://github.com/ropensci/nlrx/issues/10
https://stackoverflow.com/questions/17107206/change-temporary-directory
テキストエディタで以下を書き込んだファイルを"Renviron.site"と名をつけ、
C:/Program Files/R/R(任意のversion)/etc
に置く
TMPDIR=C:/Users/"UserName"/Desktop/out/rtemp
TMP=C:/Users/"UserName"/Desktop/out/rtemp
TEMP=C:/Users/"UserName"/Desktop/out/rtemp
ー３）Rを開き，
install.packages("nlrx")
#理由は不明だが、わたしのwindows11のR 4.0.4にはlibrary "tibble"がインストールできず、nlrxが動作しなかった。"tibble"は"tidyverse"でインストールされる。"tibble"はR 4.2.3には問題なくインストールされた。
ー４）
https://github.com/ropensci/nlrx
のGetStartedを行う．
（５）netlogo modelの準備
netlogo model libraryのモデルは「インターフェイス」「情報」「コード」から構成されている。「情報」部分の内容は、コードの後半部分に記載されており、RでNetlogoを操作する時には「情報」の部分が邪魔をするので、取り除く。
ー１）netologoファイル（.nlogo）をテキストエディタで開く。情報が記載されている部分
（@#$#@#$#@ ## WHAT IS IT?）以降
（@#$#@#$#@ default true）以前
を削除する。
（６）nlrxスクリプトをRで走らせる。
modelpath、outpath、の書き間違いが無いように注意する。
実行中のC:/Users/"UserName"/Desktop/out/rtempではテンポラリーファイルが次々と更新され，終了すると，"out"に .csvファイルが作成される．
